ラボ内部共有ファイル

ゲノム配列などからの部分配列の切り出し
stand-alone BLASTを使う方法
１）makeblastdbで配列をインデックス化。
　 makeblastdb -in file_name.fa -out db_name -dbtype nucl(or prot) -hash_index -parse_seqids
２）blastdbcmdで位置を指定して切り出す。
　　blastdbcmd -db db_name -entry (マルチファスタの各配列IDの部分文字列）-range (start)-(end) -out file_name

参考：ぼうのブログ　「fastacmdの後継者：blastdbcmd」
http://bonohu.jp/blog/blastdbcmd.html