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藤本康介氏は、腸管の抗原特異的なIgAの誘導メカニズムに関する研究ならびに腸内微生物叢に関する研究を行い、優れた研究業績を挙げてきた。特に、標的とする粘膜面へ抗原特異的なIgAを自在に誘導することができる粘膜ワクチンの開発を行い、その粘膜ワクチンが肺炎球菌感染症などの一般的な感染症だけでなく、肥満や糖尿病などの腸内共生病原菌が関連する病態の制御についても有用であることを示した。また、これまで全貌が明らかではなかったヒト腸内ウイルス叢の解析に挑戦し、腸内細菌を宿主とする腸内ファージのゲノム解析手法とそれらのデータベースを確立することに成功した。この解析により、網羅的な理解が難しかった腸内細菌と腸内ファージの宿主寄生体関係をメタゲノム情報から明らかとしただけでなく、ファージが持つ宿主特異的な溶菌酵素を用いた次世代ファージ療法の開発に大きく貢献した。これら一連の研究成果は、粘膜免疫および腸内微生物叢の基礎的解明を基盤とした将来的な医療展開に強く繋がることが期待される。